Школа является частью проекта «Базовые школы РАН».
Цель проекта – создание максимально благоприятных условий для выявления и обучения талантливых детей, их ориентации на построение успешной карьеры в области науки и высоких технологий, что послужит развитию интеллектуального потенциала регионов и страны в целом.
Долгопрудненская гимназия вошла в состав Базовых школ РАН с 2019 года со старта проекта. В Долгопрудненской гимназии реализуется проект по модели профильной школы.